joyfire

　　搞定了pFind里程碑，放松下来踅摸踅摸天下大势。有段时间没跟进C++0x的进展，今天上网搜索了一下，整理出来。

　　C++委员会6月份刚刚在法国的Sophia Antipolis举行了会议（WG21）。会议的最大成果是确定了C++0x发布时间，漫长的投票表决过程总算接近结束。今年9月委员会将提交一份草案，以便公众审阅和反馈，进入ISO程序，预计12个月后正式发布。希望C++0x的这个“x”是9，而不会升到A。居然没有中文技术站点报道这么重要的新闻。

　　技术细节上，这次会议有两个最主要的features通过投票：

　　首先是传说中的Initializer lists提案（N2672  N2679），以后可以用更直观的方式初始化STL容器了：

　　第二项是thread_local关键字( N2659 )。经过近一年来的几次投票，并行机制的内存模型、原子操作和线程包装的多项提案都已经通过投票，这大概是C++0x最重要的变化。

　　其实每次都会投票通过几十个features，只不过大多数没引起注意，比如我无意瞅到了一项07年获得通过的提案，是Herb Sutter代表微软提交的空指针关键字nullptr (N2431) ，这就可以用nullptr替换VC++下的NULL宏，免得每次往gcc下移植都得手工加入。

　　这次会议留下的一个遗憾是大名鼎鼎的concepts（N2081）依然在等待“check in”。

　　以上信息都依据网上来源：Bjarne Stroustrup的C++0x概述报告slices，Google的Lawrence Crowl对线程模型的报告slices, MS的Herb Sutter的BLOG、CodeGear的Alisdair Meredith的BLOG。他们都是委员会成员。另外我还找到一个旁听会议的Java程序员的BLOG，由于视角不同，难免有不少比较，比如C++委员会与JCP的异同。当然，你也可以参考正式、客观、全面但枯燥的会议记录。

　　欢迎大家访问pFind Studio官方站点，包括软件简介、用户手册、演示视频和发表论文。稍后会提供pFind 2.1版的注册和单机版下载。我的RCM论文也在网站上全文公开，欢迎多多引用

　　pFind 2.1颇有突破，接下来几天的blog，总结一下这半年的经验。今天先说第一条：建立风险识别和控制机制。

　　去年“软件开发2.0”大会，晚上参加胡百师主持的“项目管理”VIP沙龙，现场有不少项目经理和架构师，讨论话题很多。胡百师建议：“除了Todo List和Bug List，项目经理手里应该有一份Risk List。”

　　插话一下，那时正是pFind 2.0压力最大，进度拖延，BUG丛生的阶段。偷闲参加“软件开发2.0”大会，跳出来换换脑筋，从技术架构上，从项目管理上，从产品设计思路上，彻底反思了之前的工作。除了本篇BLOG讲的软件工程问题。再举个技术上的例子：听Baidu的前任总工程师的讲座，谈到一个检索加速的案例，他随口说了一句：“大家都能猜到，这是倒排索引的设计出了问题”……回到组里再听ly重构索引的ppt，意识到必要性，马上把这个Feature加入pFind 2.1的Road Map。

　　跑题了，回来接着说。4月pFind 2.1启动时，我在Google Doc建立项目手册，专门加上了“风险识别和对策”一章，列出各种想到的风险，按重要性进行排序，然后一一填上预防措施，还有最坏情况下的取舍方案，然后每周跟进。

　　可能项目启动那天是黄道吉日，最让人睡不着觉的几条，都没真正造成威胁。进度比预计顺利得多。还有一大堆惊喜。

　　俺的成功经历实在不多，尤其是这么完美的比赛过程，所以难免有些迷信。有些运动员总在关键比赛前换上同一双球鞋，俺也决定以后抱着“Risk List大法”不放手了

　　我猜我的合作伙伴可不喜欢这样，因为这次开发我可能根本没干正事，就是忙着扮演一个政委、牧师或居委会大妈，不停地骚扰大家：时刻在人家耳朵边上唠叨一些政治正确的废话，比如“复用接口上移，复用功能外抽”；逼着每个人修改变量名和类名，加空格和缩进；像个秃鹫一样在别人工位后面露出头：“嘿……没事……就是……那个……你的代码还没上传到SVN上呢”；每过两三天就发一次邮件，强调里程碑和Bug List；在别人最忙的紧要关头，要求双人编程和code review……

　　Joel on software说：“开发人员把不务正业的程序经理拿来当早餐吃掉”。老实说，绝对是因为ly、hchi、lqliu这帮家伙太神奇，折腾出好多变态的成果来（嗯，早就等着拉2.1出去吓人）。我这个所谓“产品经理”其实是蹭饭的角色（更喜欢临阵杀敌）。《最后期限》里说：“你可以不雇我，但一定要考虑一下我的团队，他们真的很棒”，Bingo。

　　按进度计划，我们会在7月1日发布pFind 2.1 Beta 2，同时pLabel、pBuild和pScan也各自发布新版。这是重要的里程碑。也许是我进入生物信息组3年以来，最重要的一个。每天都感觉在不断接近“把Mascot打得满地找牙”的理想。组里打算为上半年大规模工程开发圆满完成好好庆祝一番（庆祝的事情交给我筹备，可我现在一点心情都没有）。

　　未来10天，Todo list上还留着不少待处理事项，好多麻烦搞得人睡不好觉。感觉自己变得敏感易怒，刚刚还犯了一次偏头痛。

　　需要集中精力，把pFind 2.1发布搞到尽量完美。所以不得不停BLOG两周，不好意思。

　　那么我们7月5日再见。到时候我会邀请蛋白质组学方面的朋友试用pFind 2.1。

　　周四晚上买了格纳齐诺的《一把雨伞给这天用》，周五晚上又买了马可·奥勒留的《沉思录》。

　　《一把雨伞给这天用》没有一口气看完，只在轻轨上翻了前几十页，又跳读了几个地方。苏珊娜家聊天那段，很有趣。在豆瓣上找到miserwei的书评，同样是仅仅读完了前面一小截，过了99页才找到好玩之处，与我的阅读体验类似。（BOSS H一直说，看《士兵突击》好多次，都是开个头就看不下去了。前两天，看样子他终于耐着性子熬过了前几集。如果他像我一样错序看，也许不会这么痛苦。）

　　很早就想买《沉思录》，一直有种抗拒感：阳春白雪的古典哲学，因为被克林顿和温总理推崇，作者又是古罗马元首（imperator，常称为皇帝，以前讲过这个词的翻译），于是畅销起来。以前商务印书馆的简装本挤在二楼最里面的书架上；现在变成了“双语典藏版”，与经管、炒股、中国崛起、名人访谈一起摆在书店门口最显眼的地方。据说这书和《资治通鉴》一样，成了官场上的时髦礼物。这是“长尾理论”的经典案例。

　　都知道我患有轻度创业妄想症，痴迷收集各种白手起家的离奇故事，狂热鼓动周围所有合适不合适的朋友下海。可俺手头的工作叫生物信息，传说中最阳春白雪，让热血青年丧失注意力的一种罕见菌类，哦不，我是说一种罕见学科。

　　所以俺总在饭碗和理想之间寻找联系。

　　以前就写过BLOG，猜测生物信息领域未来最可能的杀手应用。里面提到的23andMe其实是Google创始人的新婚妻子创建的。（Google两个创始人几乎同时结婚，娶的都是搞生物信息的博士）。今天在科学松鼠会看到一篇以玩笑口吻撰写的创业计划。笑过以后提醒你，并没有看起来那么荒谬，目前硅谷VC资助的生物信息创业公司，基本也就是这些路数。

　　关于扫描基因取得个人倾向，05年想到时还很兴奋。其实已是老生常谈。电影GATTACA里性感美女谈恋爱的标准模式，就是拔根头，然后留下联系方式，“如果对我感兴趣，打电话”。你可以拿着头发去医院里算命：如果有孩子，得心脏病的概率是多少。

　　BTW：伦理问题不是工程师的范畴，让哲学、社会学和法律专业的兄弟姐妹去头疼吧。最坏情况下，出现基因专利和昂贵的定制基因服务，就像刘慈欣《赡养人类》里的一号文明一样，富人和穷人逐渐演变成不同物种。

　　（这篇BLOG十天前就想写下来。明天起软件开发和测试又要忙起来，趁脑袋里印象还没变淡赶紧敲）

　　读过《变形记》，就知道以后再读卡夫卡的书必须要做好充分心理准备。即使心情最灿烂时翻开，也可能迅速被绝望和抑郁吞没。

　　如果在网上搜索卡夫卡，赞誉的话车载斗量。最近好几届诺贝尔文学奖得主都喜欢卡夫卡。我最喜欢的中国作家王小波和余华，也自称深受卡夫卡影响。周围的文科朋友，只要提起卡夫卡，话题就特别多。

　　作为理工科出身的业余文艺虫子，没啥独立观点，只懂附庸风雅。于是数次试图强攻《城堡》，均半途而废，用“不忍卒读”形容绝对恰当。心智不够成熟坚强，朽木不可雕也。

　　《布鲁克林的荒唐事》里有这么一段，再次鼓起了阅读卡夫卡的勇气。

　　端午节期间看完了易中天的《费城风云》，立宪会议的唇枪舌战很有意思。

　　附录列出55名代表的生平事迹，有关乔治·华盛顿的一段比较好玩：1848年兴建的华盛顿纪念塔，有块高61米、宽1.2米的中文碑，是当时清朝宁波知府毕永绍题写的，碑文引述前福建巡抚徐继畲的《瀛寰志略》内容，最后几句是这样的：

　　“美利坚合众国以为国，幅员万里，不设王侯之号，不循世及之规，公器付之公论，创古今未有之局，一何奇也！泰西古今人物，能不以华盛顿为称首哉！——大清国浙江宁波府镌，耶酥教信辈立石，咸丰三年六月初七日。”

　　搜索一下有关历史：赠碑时，徐继畲已被罢官了。赠碑不到三个月，毕永绍也从宁波知府的职位上离任。1862年，洋务派建立外交部，徐继畲复职为三品京堂，美国总统特别委托国务卿，请艺术家绘制一幅华盛顿画像，远涉重洋，命美国驻华公使赠给徐继畲。

　　中星9号直播卫星终于赶在奥运会之前发射成功。卫星采用我国自主的ABS—S和AVS技术标准。

　　抛却名利虚荣，研发成果实际用起来，才是我们工程师最大的价值体现。

　　发表论文，申请专利，建立标准……最终在国计民生重要环节（例如：中国首颗电视直播卫星上的视频信源编码标准）发挥关键作用（例如：直接为奥运转播服务，卫星有47个频道，那么每年节省上千万美元的MPEG4专利费）。有机会把整个链条走完是种幸福。向曾经和正在参与AVS标准研发的弟兄们致敬。

　　攀亲戚：好歹俺也曾借调到AVS课题组做过一星期的手机播放器界面呀，嘿嘿。

　　借机抒情一把：pFind任重而道远，俺将上下而求索。

　　Google发布GAE后，Python社区热闹起来。很多框架和开发界面在第一时间实现了对GAE的兼容。下面视频是web2py的演示。

　　appspot.com上已经冒出了很多有趣的项目。特别推荐一下uliweb。国内最出色的Python开发者limodou在试用期就得到了GAE帐号。uliweb是他推出的又一个开源项目。小建议：像web2py一样制作更多视频，最好有中英文两个版本。教学video逐渐代替用户手册和帮助文档，这是潮流。（BTW：我们的pFind Studio套件各个工具都制作了演示视频，将在新版网站上公开）

1. 刚刚把Firefox升级到3.0 rc1试用一下，速度提升很明显，尤其是在Gmail这样JS代码很重的应用上。很多界面改进也很贴心。不过目前有些重要插件还不兼容，比如Google Gears和gladder。预计final版推出，就会解决。
2. 向小秀推荐《布鲁克林的荒唐事》，他决定找来读一读，投桃报李，他又向我推荐正在读的《九故事》，这是塞林格在《麦田守望者》之后出版的第二本书。最初没听清名字，在豆瓣搜索，错找到了情色电影《9 songs》。昨天回家路上到光合作用买，照例在轻轨上读完第一篇，没太看明白，不过叙事很流畅，今天宅在家里把它读完。

   

3. 刚刚注意到，小秀他们几个主要通过图书馆借书。挣工资好处就在于买书没有经济压力。记得本科时，不得不限制每月购书费用上限；而每次做软件项目打工挣来零花钱，除了连续N天请朋友们暴饮暴食涮羊肉，就是去西单图书大厦或海淀图书城大摞大摞往回搬（当然追女孩子的阶段是不同的）；每到新学期，总得挑些书送人或扔掉，腾出柜子空间放课本。
4. Gunshy在豆瓣上搜集世界知名书店的照片，简直是梦幻，发誓这辈子一定要去一次。特此记录。

葡萄牙波尔图，莱罗书店

阿根廷布宜诺斯艾利斯，雅典人书店

荷兰马斯特里赫特，教堂书店

　　好消息是，登录Google App Engine后，终于不再显示请等待审批的提示。开通帐号需要手机短信确认。

　　坏消息是，兴冲冲建立第一个应用时，发现joyfire、我自己的姓名、pBuild和pLabel这些标识都已被抢了，我只抢回了pFind。哇啦哇啦。

　　说到这个，感觉第二次网络创业热潮开始降温了。之前一两年，总有域名中介联系我，希望购买lehuo.com、lehuo.net系列，单域名价格最高谈到三万。但是从今年春节以后，我就没有再接到这种电话了。看样子机会真来了，追求财务自由的虫子们，准备逢低吸纳。

　　开发进度比较顺利，不过没啥可记录的，全都是测试、代码审核和重构，繁杂琐碎的细节。我今天刚发邮件，把pFind 2.1 Beta1里程碑推迟到6月15日。

　　今天到五道口“光合作用”买了保罗·奥斯特的《布鲁克林的荒唐事》和易中天的《费城风云》。回来的轻轨上读完了前者的前两章，没走眼，是好书。（补：又搜索了一下，发现mindmeters上有一篇值得推荐的书评）

　　春节开始积累的购书小票总算到了500元，换来一张会员卡。除了买书打折，还可以在“光合作用”里的小咖啡馆获得优惠，任何咖啡买一送一。上次去还是年前的事。以后可以多找机会躲进去看书。其实无论“第三极”、“中关村图书大厦”、“海淀图书城”、“单向街”还是“光合作用”，即使有会员卡，打折幅度都不会比网上多。只不过，在密集的书架里淘书，喝着咖啡看刚买的新书，时时抬眼偷瞅旁边的mm，体验不同，更让人平静放松。

　　交款时遇到一个法国大美女，想找人帮忙推荐“和孔夫子有关的书”，收款员mm居然找出两本中法文对照的鲁迅来。#@$%，汗，也算有关吧，里面有批判封建礼教的杂文。光合作用很多员工是勤工俭学的大学生吧，口语不错，总喜欢捉弄那些汉语磕磕绊绊，局促不安的老外。

　　现在看到了《火焰杯》，打算今天回去买《混血王子》。

　　总是更喜欢性格怪异一点的角色。比如《哈利·波特》里的Luna Lovegood和Severus Snape，《老友记》里的Phebe、《银英传》里的奥贝斯坦和罗严塔尔……

　　说到有个性，前两天外祖父的老战友去世，借这个机会缅怀家族里最帅最酷的小伙儿：我的外祖父。

　　最近每打开Google Reader总会先看云风的feed。自从他开始写《那些日子》，反响非常大。推荐，尤其适合那些希望走工程技术路线的人。

　　BTW1：5月19日14时28分，不要忘记停下手边工作，为遇难的同胞默哀三分钟。

　　BTW2：周五在五道口书店买了《哈利·波特》的前三本。嗯，书很好看，回头把后面几集都抓来。

　　BTW3：去买《哈利·波特》时，偶遇阳姐，果然是更漂亮了。

　　刚刚改进了pFind 2.0的N端可变修饰生成的递归部分的代码，发布2.0.003补丁。

　　五月份主要工作就是用pFind 2.0和pFind 2.1（流程2）进行大规模的伴随测试。经过对答案，两者都修正了不少BUG。pFind 2.1 Alpha 2估计会于下周一19日发布。我们会带着2.1去用户那里进行Beta测试，这比原计划提前了将近10天。

　　fy领导的pFind M版也有进展，M是面向未来的版本，已经实现了对ETD的支持，多母离子窗口等梦幻特性。马上就要展开M版和2.1版（流程1 ）伴随测试。

　　按照计划，6月发布pFind 2.1 Beta 1。到7月底，在至少两家生物实验室完成Beta测试，8月8日，正式发布pFind 2.1的final release，“奥运献礼版”。另外，pFind 2.2也会很快着手，预计在12月1日发布，这就是这么多年传说中的集群版。

　　最近压力很重，hchi昨天请病假，我还一直欠着pLabel和pScan的设计审阅和双人编程没空展开。不过也很有成就感，pFind 2.0陪着pFind 2.1跑了接近百万张质谱数据，每张谱、每个候选肽、每个打分、每个EV值……一直精确到小数点后五位，确保完全一样。有一次，18万张谱里只有1张不同，结果是1.000007对0.999998，但是hchi穷追猛打，一口气追下去，最终修正了一个很隐秘的BUG。

　　pFind 2.1 Alpha2 目前还没有界面，8万行C++代码；pFind 2.0经过大规模整理删除，11万行C++代码；正在彻底重写的pLabel 2万行C++；等待大规模重构的pBuild，2万5千行C++；pScan接近1万行C++。这些代码都是在将近18个月里完成的。

　　接下来这个夏天，拽着2.1怪兽出去吓人，把Mascot打得满地找牙。